То есть вы хотите сказать, что такого железа вполне должно хватить на 10 мс алгоритма, и, соответственно, FPGA - мыльный пузырь? А если сделать проще, взять PIC, прошить ему алгоритм к примеру ММК, затем распаять на USB, то что вы можете сказать о свойствах такого монокристального высокочастотника?Возьмем к примеру компьютер Intel 486 с частотой 120мГц (такое старье)
На таком старье на LPT порте делал осциллограф с частотой опроса порядка 120 кгц.