Потому что свойства линий и т.д. в этом индикаторе задаются в блоке OnInit, который запускается каждый раз при инициализации индикатора (например, смета ТФ). Всю это херню надо поднять в начало кода, где #property или прописать значения во входных параметрах индикатора extern
Посмотреть вложение 382910
По поводу алерта - вариант решения - нужно дописать флаг, который будет переходить в состояние true при поступлении алерта и сбрасываться на false при следующей свече. Контроль следующей свечи прописать через (как вариант) SeriesInfoInteger или iTime.
Посмотреть вложение 382912