Причин может быть много. Софт, железо, сеть, поставщики, компьютер клиента.
Например, могли быть задержки на маршруте от терминала до датацентра, т.к. маршруты у всех разные, то и задержки разные. В этом случае трассировка покажет, есть проблемы на маршруте или нет.
Если были проблемы с софтом или железом, то скорее всего у многих клиентов должно было быть так же, надо с другими разговаривать, чтобы люди в логах посмотрели время исполнения.
Если поставщик, то это может быть выборочно, тут надо логи поставщика смотреть.
Бывают еще чудеса МТ, хотя последнее время Метаквоты вроде сделали его более быстрым и стабильным, но полностью исключать нельзя.
То, что Альпари использует плагин, задерживающий исполнение на 2 секунды, я не верю. Потому 2 секунды это очень много, и плагины, которые так делают, это старье 10-летней давности. Альпари не может такую помойку использовать, они слишком технологичны.
В общем, чтобы понять, что это, надо либо логи компании рыть и искать (у меня к ним доступа нет), либо искать причину в момент, когда проблема есть, а не постфактум.
На счете PRO.ECN я бы разобрался быстро и досконально.