Некоторые индикаторы или советники используют установку объектов. Так вот, если программист поленился и вместо описания удаления каждого установленного им объекта написал одну функцию: удаляющую все объекты. То при переинициализации индикатора\советника удалятся все объекты, а не только установленные им. Свои он нарисует заново, а вот установленные вручную исчезают бесследно. При смене ТФ происходит переинициализация программ.
Попробуй открыть чистое окно, без советников и индикаторов, поставь нужные графические объекты и если при переключении ТФ в этом окне объекты не исчезают то причина в том что я описал.